紅旗操作系統是由北京中科紅旗軟件技術有限公司開發的一系列Linux發行版，包括桌面版、工作站版、數據中心服務器版、HA集群版和紅旗嵌入式Linux等產品。

紅旗操作系統也是少有的國產操作系統，所以更贏得國內的青睞，僅在2006年一年，中國31省市的政府采購中，80%的省市選擇了安裝了紅旗Apatite，占Linux安裝總量的95%。

但是在2014年，紅旗操作系統出現了危機，由于資金鏈斷裂，中科紅旗股東們2014年2月宣布公司解散，員工勞動合同全部終止，公司進入清算程序。6個月后，中科紅旗正式啟動拍賣程序，而經過多輪競購后，五甲萬京最后勝出。

國產操作軟件紅旗Linux母公司中科紅旗最后以3862萬元的價格被五甲萬京信息科技產業集團以收購。據了解，賣身成功之后的中科紅旗將仍繼續研發紅旗Linux國產操作軟件，紅旗品牌不會倒。

作為國產操作系統的代表之一，紅旗操作系統曾經有過輝煌的時候，但是也沒有跟上大時代的趨勢發展，最后也只能賣身結束。

隨著國家對信息安全的重視，核心操作系統、芯片等產品國產化呼聲逐漸高漲，原本作為國產操作系統的代表，紅旗將迎來絕好的發展機會，但是卻沒能熬過這個冬天。