從身份屬性上看，二者都屬于中央直屬公務員，邊檢總站還有一個身份是警察，歸口國家移民管理局，該局隸屬公安部管理。

從工作屬性看，兩個系統的基層單位有重合的地方，在設有對外開放口岸的地方一般都有邊檢站和海關，屬于口岸聯檢單位，海關負責查驗貨物，邊檢負責檢查出入境人員和交通工具。邊檢的基層單位一般連續輪換值班，比海關的工作量要大一些。沿邊的邊檢總站還掛一個牌子，出入境邊境管理總隊，還負責管理邊境派出所，工作跟一般的派出所類似，但工作環境比較艱苦。

從待遇上看，二者明面上的工資待遇差不多，因為警察有警銜工資，邊檢可能還要高一些。但從工作實際情況來看，或者通俗的講，海關管的范疇比邊檢的實惠，目前來看海關人員比邊檢警察社會地位高一些。

綜上，目前來看首選還是海關，邊檢也不差，移民局下步改革也會越來越好，如果把公安廳的出入境管理部門和外交部的一些職能納進來，也將是一個比較強勢的部門。