分子動(dòng)力學(xué)模擬什么軟件比較好？

一般有機(jī)物優(yōu)選gromacs，核酸模擬優(yōu)選amber，大體系（比如粒子數(shù)十萬(wàn)到上億）優(yōu)選lammps，MS不是分子動(dòng)力學(xué)模擬的軟件，不過(guò)其中的forcite和gulp模塊可以做分子動(dòng)力學(xué)。

具體選擇哪個(gè)軟件，關(guān)鍵看你能找到哪個(gè)軟件能用的勢(shì)表或力場(chǎng)。gulp可以直接輸入勢(shì)參數(shù)計(jì)算，但是對(duì)勢(shì)表支持不好，能支持的勢(shì)的函數(shù)形式也有限，但它做幾何優(yōu)化是非常厲害的，其實(shí)它更多的是一個(gè)分子力學(xué)軟件。gromacs我只用來(lái)算過(guò)蛋白質(zhì)分子，它可以用gromos，oplsaa，charmm力場(chǎng)，不過(guò)經(jīng)常遇到找不到某些分子的力場(chǎng)參數(shù)的問(wèn)題，需要自己找工具來(lái)修補(bǔ)。amber沒(méi)有用過(guò)，只知道它的力場(chǎng)算核酸很厲害，對(duì)于pistack相互作用有一定的描述。lammps我用來(lái)算金屬，用得最多，相變和力學(xué)問(wèn)題都算過(guò)，計(jì)算模擬非常強(qiáng)大，不過(guò)建模和后期處理功能偏弱，需要自己有較強(qiáng)動(dòng)手能力，或找其它工具軟件配套，建議使用前先有bash和python的基礎(chǔ)，還有就是自帶的勢(shì)表非常少，需要自己去文獻(xiàn)中找參數(shù)來(lái)做勢(shì)表，或者到美國(guó)那幾個(gè)網(wǎng)站去下載，lammps可以混合使用幾種不同的勢(shì)的形式，它稱之為pair_hybrid。

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