參考文獻可以引用公眾號文章嗎？

可以的。

只要按照引用的規范，說明出處，作者以及文章的標題就可以。

公眾號用瀏覽器打開后有網址，引用格式如下: 王明亮.關于中國學術期刊標準化數據庫系統工程的進展[EB/OL].http: //www.cajcd.edu.cn/pub/wml.txt/980810–2.html, 1998–08–16/1998–10–04.