Java中，啟動線程的兩種方式包括start()和run()方法。雖然它們都可以啟動線程，但是它們之間有一些重要的區別。

首先，start()方法是一個非常重要的方法，因為它會使線程開始執行。當調用start()方法時，JVM會為該線程分配一個新的堆棧，并在新的堆棧上運行該線程的run()方法。

public void start()
public void run()

接下來，讓我們來比較一下這兩個方法。當我們調用start()方法時，線程進入了就緒狀態，并等待JVM調用它的run()方法。而如果我們調用run()方法，那么線程直接在當前堆棧上運行，而不是在新的堆棧上運行。因此，如果我們熟悉線程的工作原理，那么我們可以推斷出，調用run()方法不會創建新的線程。

此外，對于實現Runnable接口的類，其start()方法不會執行run()方法，而是會調用它自己的run()方法。例如：

public class MyRunnable implements Runnable {
public void run() {
//實現線程要做的工作
}
public static void main(String[] args) {
Thread t = new Thread(new MyRunnable());
t.start(); //調用的是Thread自己的start()方法
}
}

最后，需要注意的是，如果我們在一個線程中調用自己的start()方法，那么它會發生什么呢？其實，這是非常危險的行為，因為它會導致線程死鎖或者永遠等待。這是因為在調用start()方法時，JVM會為該線程分配一個新的堆棧，而如果我們在當前堆棧上運行run()方法，那么線程將永遠等待自己的run()方法完成。

綜上所述，start()方法是啟動線程的首選方式，因為它會創建一個新的線程，并在新的線程上運行run()方法。而調用run()方法不會創建新的線程，因此它在很多情況下都是不適用的。