Java EE是Java平臺上的一種企業級應用程序開發標準，可以方便地將Java技術用在企業級應用開發中。其中，Java EE 5.0和Java EE 6.0是比較常用的版本，下面我們來看看它們有哪些區別。

一. 打包方式

Java EE 5.0通過EJB 3.0提出了"POJO(Plain Old Java Object)指導原則"，將Servlet、JSP和EJB進行整合，打包為統一的WAR(Web Archive)文件。
Java EE 6.0進一步簡化了打包方式，提出了Web Profile概念，允許開發者打包僅包含一部分Java EE規范的WAR文件，不需要依賴完整的Java EE容器。

二. 注解支持

Java EE 5.0中已經支持注解方式定義EJB、Servlet和JSP。
Java EE 6.0中進一步增強了注解的使用，支持為EJB甚至是整個應用聲明一份描述文件，即在Java中用代碼配置應用程序，取代了以往的XML配置文件。

三. 上下文依賴注入

Java EE 5.0中，EJB和Servlet都可使用上下文依賴注入(CDI:Contexts and Dependency Injection)技術，通過注解方式完成自動化的組件注入。
Java EE 6.0中進一步增強了CDI的功能，可以使用事件、攔截器、裝飾器等方式擴展組件的行為和屬性。

四. RESTful服務支持

Java EE 5.0對RESTful服務支持有限，需要使用JSR-311（JAX-RS）規范來實現。
Java EE 6.0中內置了對JAX-RS的支持，提供了一套標準API，方便開發者開發REST風格的服務。

五. 其他改進

Java EE 6.0在應用服務器性能和管理方面都有一定的優化。
Java EE 6.0支持更多的技術，比如SIP(Session Initiation Protocol)協議、JMS(Java Message Service)2.0、JSF(JavaServer Faces)2.0等。
Java EE 6.0進一步簡化了一些API，比如Servlet、JSP、EJB等的API，Java EE 5.0中一些繁瑣的API也作了大量的簡化和合并。

總的來說，Java EE 6.0相比于Java EE 5.0，在開發效率、標準支持、部署便捷性、性能提升等方面都有不少改進。