雖然MySQL數據庫索引是優化查詢的重要手段之一，但是在應用中，使用索引也存在著一些缺點。

單個表中建立太多索引會占用過多的磁盤空間，降低磁盤的讀寫速度，造成額外的空間和時間浪費；
索引過多還會降低INSERT、UPDATE和DELETE等操作的性能，因為每次進行寫操作時，除了必須要寫入數據外，還要更新索引。
索引的建立也需要耗費時間和資源，如果表結構發生變化，索引需要重新建立。
索引只能加快指定列的查詢速度，對于復雜查詢并不能提高效率。
對于不穩定的數據，即表中數據頻繁發生變化時，如果索引不夠穩定，就容易出現索引失效的情況，導致查詢效率降低。

因此，在建立索引時應該量力而行，對于需要經常進行查詢的列添加索引，而對于不經常使用的列不添加索引。另外，針對數據量變化頻繁的表，應該根據具體情況定期適當進行維護，避免出現索引失效的情況。