在進行OrthoMCL的分析之前，需要首先安裝相應的軟件。其中MySQL是必須的，下面介紹一下MySQL的安裝過程。

下載MySQL安裝包，網址為：https://www.mysql.com/downloads/。建議選擇穩定版下載，例如5.7版本。

cd /usr/local
tar -xzvf mysql-5.7.20.tar.gz
mv mysql-5.7.20 mysql
groupadd mysql
useradd -r -g mysql mysql
cd mysql
rm -rf mysql-test

新建配置文件：/etc/my.cnf，寫入以下內容：

[mysqld]
basedir=/usr/local/mysql
datadir=/usr/local/mysql/data
socket=/var/lib/mysql/mysql.sock
log-error=/usr/local/mysql/mysql-error.log
pid-file=/usr/local/mysql/mysql.pid
[mysql]
socket=/var/lib/mysql/mysql.sock

執行以下命令，安裝MySQL：

./bin/mysqld --user=mysql --basedir=/usr/local/mysql --datadir=/usr/local/mysql/data --initialize-insecure
chown -R root .
chown -R mysql data
cp support-files/mysql.server /etc/init.d/mysqld
chmod +x /etc/init.d/mysqld
service mysqld start
/usr/local/mysql/bin/mysql_secure_installation

最后在OrthoMCL的安裝配置文件中配置MySQL的賬號和密碼即可：

[loader]
dbVendor=mysql
dbConnectString=dbi:mysql:orthomcl:localhost:3306
dbLogin=orthomcl_user
dbPassword=orthomcl_password
dbAutoCommit=no