合并CSS和JS文件對于網站優化有著很大的好處，但也存在著一些不可忽視的缺點。

首先，合并會使文件變得龐大而且難以維護。在合并CSS和JS文件時，可能會遇到多個文件之間的沖突問題。如果不處理好這些問題，可能會導致頁面出現錯誤或樣式不一致。另外，如果網站中使用了多個CSS或JS庫，合并后的文件可能會變得非常龐大。這會導致頁面加載時間變長，給用戶帶來不好的體驗。

其次，合并文件也會使緩存失效。當用戶訪問網站時，瀏覽器會將下載的文件存儲在緩存中，以便再次訪問網站時可以更快地加載頁面。如果合并文件后修改了其中的一個文件，整個文件都必須重新下載，這就導致了緩存失效的問題。

最后，合并文件也會影響網頁的可維護性。CSS和JS文件在原來的情況下，由于文件之間的關系較清晰，可以方便地進行修改和維護。但是，一旦將其合并到一起，就變得難以維護。因為每次修改都要影響到整個文件，這樣就很難發現和定位問題。

綜上所述，合并CSS和JS文件雖然有著自己的優點，但是也存在比較明顯的缺點。在進行合并操作時，需要根據具體情況選擇合適的方法，以達到最好的效果。