在JavaScript中，我們可以使用幾種不同的方式來應用CSS樣式。

首先，我們可以通過DOM API來直接修改元素的style屬性：

var element = document.getElementById("my-element");
element.style.backgroundColor = "red";

這個方法非常直觀，并且能夠非常方便地修改一個元素的樣式。但是，這種方法有一個明顯的缺點，那就是它非常容易變得冗長并難以維護。特別是在需要設置多個樣式屬性時，我們需要寫很多行代碼來實現。

因此，另一種更好的方式是，我們可以為元素添加或移除CSS類名，然后在CSS樣式表中定義這些類名的樣式：

var element = document.getElementById("my-element");
element.classList.add("my-class");

CSS樣式表：

.my-class {
background-color: red;
}

這種方法不僅能夠使我們的JavaScript代碼更加簡潔和易于維護，同時也更好地符合了“樣式和行為分離”的設計原則。

最后，我們還可以使用jQuery等庫來更加便捷地操作元素的樣式：

$("#my-element").css("background-color", "red");

這個方法與使用DOM API的方法類似，但是它使用了jQuery庫的語法糖，使得代碼更加簡潔易懂。

總之，在JavaScript中寫CSS樣式的方式有很多種，我們可以根據具體的需求和項目要求選擇最合適的方法。