在MySQL5.6中，user表可能會為空的情況有很多個，以下是一些可能的原因。

1. 安裝時未創建user表

mysql_install_db

在新安裝MySQL5.6的時候，如果沒有運行上面的命令來創建初始化數據庫，那么就會出現user表為空的情況。

2. user表被刪除

DROP TABLE mysql.user;

有時候，開發人員會誤操作將user表給刪除了。這種情況下，只能通過手動創建表、設置權限的方式來進行修復。

3. 加載時未加載user表

mysqld --skip-grant-tables

在MySQL5.6啟動的時候，如果在啟動命令中加入了--skip-grant-tables參數，就會跳過權限驗證環節，也就是不會加載user表，從而導致其為空。

以上是一些可能導致MySQL5.6 user表為空的原因，如果碰到這種情況需要根據具體情況進行修復。