MySQL是一種關系型數據庫管理系統，運行機制是由客戶端向服務器發送SQL語句，服務器執行SQL查詢并返回結果給客戶端。

// 連接數據庫
$con = mysqli_connect("localhost","username","password","database");
// 執行查詢
$result = mysqli_query($con, "SELECT * FROM users");
// 輸出結果
while($row = mysqli_fetch_array($result)){
echo $row['id'] . " " . $row['name'];
}
// 關閉連接
mysqli_close($con);

在這段代碼中，首先連接數據庫，然后執行一個查詢，遍歷結果集并輸出結果，最后關閉連接。MySQL在執行查詢時，會先解析SQL語句，然后執行相應的操作來獲取結果。

MySQL的運行機制可以分為兩個階段：查詢解析和查詢執行。查詢解析階段會將SQL語句轉換成查詢計劃，查詢執行階段會根據查詢計劃執行操作來獲取結果。

查詢解析階段的工作包括語法分析、語義分析、查詢重寫、查詢優化等。在這個階段，MySQL會根據查詢語句生成一個查詢計劃，這個查詢計劃包括了查詢的各種操作和規劃。

查詢執行階段會根據查詢計劃執行查詢操作。在這個階段，MySQL會根據查詢計劃的操作依次執行查詢，包括了表掃描、索引掃描、排序、聚合等操作。

MySQL利用緩存來提高查詢性能。當查詢被執行時，MySQL會先檢查查詢是否已經被緩存，如果已經被緩存，就直接返回緩存的結果，否則再執行查詢。

總的來說，MySQL的運行機制非常復雜，需要了解每一個階段的工作原理才能更好地理解MySQL的工作方式。