MySQL作為一個關系型數據庫管理系統，索引是一項非常關鍵的特性。索引可以顯著地提升查詢效率，避免全表掃描等操作。然而，索引并非萬能的，其也有許多限制的地方。

一、索引會占用磁盤空間。在MySQL中，創建索引會對表的磁盤空間造成影響，因為索引的存儲需要額外的空間。因此，在創建索引時需要考慮到磁盤空間的使用情況。

二、索引會影響修改表的速度。在進行INSERT、DELETE和UPDATE等操作時，MySQL需要更新索引。因此，如果表中的數據需要經常被修改，索引會造成較大的性能影響。

三、索引會減慢查詢速度。雖然索引可以提升查詢效率，但是如果使用不當，也可能造成查詢速度變慢。例如，在查詢條件中包含了無法使用索引的操作符，將會導致MySQL無法使用索引，從而降低查詢速度。

四、索引對于多列查詢有限制。MySQL只能對索引的前綴使用索引，對于多列查詢時，MySQL只能使用左前綴的索引進行查詢。如果需要進行多列查詢，需要創建聯合索引。

-- 示例：創建聯合索引
CREATE INDEX idx_name_age ON user(name, age);

五、索引不能優化所有的查詢。例如，對于一個包含百萬條數據的表，如果使用SELECT COUNT(*)查詢記錄數，MySQL并不會使用索引進行優化。

當然，上述僅是索引使用的一些限制，需要在具體的使用場景中根據實際情況進行判斷和選擇。但是需要注意的是，合理的使用索引可以顯著提升查詢速度，因此在進行數據庫設計時需要考慮到索引的使用。