CSS3動畫是現代網站開發中不可或缺的一部分，而處理動畫位置的問題對于設計師和開發者來說都是至關重要的。在CSS3動畫中，我們有以下幾種不同的方案來處理動畫運行的位置：

/* 方案一：直接指定位置 */
.element {
position: absolute;
top: 100px;
left: 200px;
animation: myAnimation 1s linear;
}
/* 方案二：相對定位 */
.element {
position: relative;
left: 50px;
animation: myAnimation 1s linear;
}
/* 方案三：使用transform屬性 */
.element {
position: absolute;
top: 100px;
left: 200px;
transform: translate(50px, 0);
animation: myAnimation 1s linear;
}

方案一是最直接的處理方式，我們直接指定元素的絕對位置，然后讓動畫在該位置上運行。這種方式的缺點是如果頁面結構改變，動畫的位置也要做相應的更改。

方案二是相對定位，我們讓元素相對于原來的位置進行運動。缺點是比較容易出現意外情況，比如如果元素的父元素改變了寬高，動畫效果也會被影響。

方案三使用了CSS3新特性-變形，利用了transform屬性來移動元素。這種方式比較常用，因為元素改變大小或者改變相對位置的時候，我們只需要改動transform屬性就可以了，其他部分不用修改。

在確定動畫位置的時候，我們需要注意的是盡可能不要在動畫執行過程中修改元素的位置，因為這樣會導致動畫的流暢度受到影響。另外，我們還需要注意不同瀏覽器對于變形屬性、相對定位的實現方式可能會有不同，需要適當進行測試和調整。