在MySQL數據庫設計中，多對多關系經常會涉及到中間表。中間表是用于建立兩個表間多對多關系的表。在中間表中，通常需要存儲兩個表的主鍵，以及二者之間的關聯關系。雖然使用中間表可以有效地解決多對多關系的問題，但是有時候會面臨一些麻煩。

首先，中間表增加了數據庫設計的復雜性，需要花費更多的時間去優化表結構。其次，當需要查詢多對多關系的時候，需要編寫復雜的SQL語句。

下面是一個簡單的多對多中間表的示例：

CREATE TABLE `user` (
`id` int(11) NOT NULL AUTO_INCREMENT,
`name` varchar(50) NOT NULL,
PRIMARY KEY (`id`)
);
CREATE TABLE `role` (
`id` int(11) NOT NULL AUTO_INCREMENT,
`name` varchar(50) NOT NULL,
PRIMARY KEY (`id`)
);
CREATE TABLE `user_role` (
`id` int(11) NOT NULL AUTO_INCREMENT,
`user_id` int(11) NOT NULL,
`role_id` int(11) NOT NULL,
PRIMARY KEY (`id`),
KEY `fk_user_role_user` (`user_id`),
KEY `fk_user_role_role` (`role_id`),
CONSTRAINT `fk_user_role_user` FOREIGN KEY (`user_id`) REFERENCES `user` (`id`) ON DELETE CASCADE ON UPDATE CASCADE,
CONSTRAINT `fk_user_role_role` FOREIGN KEY (`role_id`) REFERENCES `role` (`id`) ON DELETE CASCADE ON UPDATE CASCADE
);

在上面的示例中，`user`表和`role`表是多對多關系，它們之間的關聯關系由`user_role`表來實現。`user_role`表中的`user_id`字段和`role_id`字段分別關聯了`user`表和`role`表的主鍵。

當需要查詢一個用戶所擁有的所有角色時，可以使用如下的SQL查詢語句：

SELECT r.* FROM user_role ur 
INNER JOIN role r ON ur.role_id = r.id 
WHERE ur.user_id = 1;

上面的查詢語句首先通過`user_role`表關聯了`user`表和`role`表，然后通過`WHERE`子句限定了查詢條件。雖然這個查詢語句可以實現我們的需求，但是對于復雜的多對多關系，會面臨很大的挑戰。

總之，雖然多對多中間表可以幫助我們解決多對多關系的問題，但是在實際設計和查詢中也會面臨一些麻煩。在實際應用中，需要評估數據量和查詢需求，合理地決定是否需要使用多對多中間表。