MongoDB和MySQL都是非常常用的數據庫管理系統，它們在數據庫的設計上有一些差異。

首先，在數據存儲方式上，MySQL將數據儲存在表格中，每個表格可以有多個列，行數和列數都是確定的。而MongoDB儲存在一個JSON文件中，這意味著數據可以非常靈活地儲存，而且不需要像MySQL那樣預定義每個列。

// MySQL表格創建語句
CREATE TABLE students (
id INT PRIMARY KEY,
name VARCHAR(50),
age INT
);
// MongoDB的數據儲存結構
{
"id": 1,
"name": "Alice",
"age": 22
}

其次，MongoDB使用一種稱為BSON（Binary JSON）的二進制格式來儲存數據，這意味著儲存和讀取數據將更快，而且處理大量數據也更加可靠。MySQL則使用基于SQL的簡單查詢來訪問數據。

// MongoDB查詢語句
db.students.find({age: {$lt: 25}});
// MySQL查詢語句
SELECT * FROM students WHERE age< 25;

最后，MongoDB幾乎可以在所有平臺上進行部署，并且支持水平擴展，也就是說可以添加更多的服務器以擴展系統的容量。MySQL則更適合于簡單的Web應用程序和小型企業的數據庫管理，因為它只能從一個服務器運行。

綜上所述，MongoDB和MySQL在設計上有著明顯的差異，MongoDB更適合于大型、復雜的數據，而MySQL則更適合于小型、簡單的應用程序。