在Linux操作系統中，我們經常需要停止正在運行的MySQL實例。下面是停止MySQL一個實例的方法：

sudo /etc/init.d/mysql stop

或者，也可以使用以下命令：

sudo systemctl stop mysql

使用上述命令將會停止正在運行的MySQL實例。如果你需要停止多個實例，你可以在命令后面加上實例名稱，例如：

sudo /etc/init.d/mysql stop instance1

在停止之前，你可以使用以下命令來確認MySQL實例的名稱：

sudo mysqladmin -u root -p status

以上命令將會列出所有正在運行的MySQL實例。

總之，停止Linux上運行的MySQL實例非常簡單，并且使用上述命令可以有效地關閉MySQL實例。