在Linux系統下進行MySQL5.6的源碼安裝可以充分發揮MySQL的高度定制性和靈活性，以下是安裝步驟：

1. 首先需要安裝MySQL的依賴庫，包括cmake、gcc、g++等。
sudo yum install cmake gcc gcc-c++
2. 下載MySQL源碼，進入下載目錄。
wget https://downloads.mysql.com/archives/get/file/mysql-5.6.41.tar.gz
tar -zxvf mysql-5.6.41.tar.gz
cd mysql-5.6.41
3. 配置MySQL并生成Makefile文件，制定安裝路徑等參數。
cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local/mysql \
-DMYSQL_DATADIR=/data/mysql/data \
-DMYSQL_UNIX_ADDR=/data/mysql/mysql.sock \
-DWITH_INNOBASE_STORAGE_ENGINE=1 \
-DWITH_MYISAM_STORAGE_ENGINE=1 \
-DWITH_MEMORY_STORAGE_ENGINE=1 \
-DWITH_READLINE=1 \
-DWITH_SSL=system \
-DWITH_ZLIB=system \
-DWITH_LIBWRAP=1 \
-DENABLED_LOCAL_INFILE=1
4. 編譯并安裝
make && make install
5. 配置MySQL
mv /usr/local/mysql/support-files/my-default.cnf /etc/my.cnf
vi /etc/my.cnf
將bind-address注釋掉，使MySQL可以在本地訪問。
6. 初始化MySQL
cd /usr/local/mysql
sudo scripts/mysql_install_db --basedir=/usr/local/mysql --datadir=/data/mysql/data --user=mysql
（注意：MySQL5.6版本需要加上 --user=mysql）
7. 啟動MySQL
sudo /etc/rc.d/init.d/mysqld start
8. 修改MySQL的root密碼
mysql -uroot -p
然后輸入命令：
SET PASSWORD FOR 'root'@'localhost' = PASSWORD('newpassword');
9. 測試MySQL的可用性
mysql -uroot -p
然后輸入密碼即可。