在Linux操作系統中，如果默認的mysql的端口號與已有的應用程序端口號沖突，那么就需要對mysql的端口號進行修改。下面是具體的修改步驟。

1.登錄MySQL
首先需要通過root用戶登錄MySQL服務器：
mysql -u root -p
2.查看MySQL當前端口號
在MySQL命令行中輸入以下命令：
mysql>show global variables like 'port';
如果當前端口號與已有的應用程序端口號沖突，就需要進行修改。
3.修改MySQL端口號
打開MySQL配置文件my.cnf，此文件一般位于/etc/mysql/my.cnf或者/etc/my.cnf目錄下：
sudo vi /etc/mysql/my.cnf
在文件中找到[mysqld]這一行，在該行下一行添加：
port=新端口號
同時，也需要在文件中找到bind-address這一行，將其注釋掉，以便MySQL監聽所有網絡接口。
保存并退出該文件。
4.重啟MySQL
在終端中輸入以下命令重啟MySQL：
sudo service mysql restart
5.確認端口號修改生效
在MySQL命令行中再次輸入以下命令即可確認MySQL新的端口號是否生效：
mysql>show global variables like 'port';