當我們在 Java 應用程序中使用 JNDI 配置 MySQL 數據庫時，需要遵循以下步驟：

1. 導入 MySQL 驅動程序：

Class.forName("com.mysql.jdbc.Driver");

2. 創建一個 InitialContext 對象：

Context context = new InitialContext();

3. 設置 JNDI 屬性，其中包括數據庫 URL、用戶名和密碼：

context.addToEnvironment(Context.INITIAL_CONTEXT_FACTORY, "com.sun.jndi.fscontext.RefFSContextFactory");
context.addToEnvironment(Context.PROVIDER_URL, "file:/var/tmp/");
context.addToEnvironment(Context.SECURITY_PRINCIPAL, "root");
context.addToEnvironment(Context.SECURITY_CREDENTIALS, "password");

4. 創建 DataSource 對象：

DataSource dataSource = (DataSource) context.lookup("jdbc:mysql://localhost:3306/mydb");

5. 獲取 Connection 對象：

Connection connection = dataSource.getConnection();

6. 使用 Connection 對象執行 SQL 語句：

Statement statement = connection.createStatement();
ResultSet resultSet = statement.executeQuery("SELECT * FROM mytable");

通過以上步驟，我們就可以在 Java 應用程序中使用 JNDI 配置 MySQL 數據庫了。