在使用cmd命令行窗口下，可以使用以下命令來關閉已經打開的MySQL服務器。

mysqladmin -u root -p shutdown

上面的命令需要在命令行中輸入，其中 "root" 是MySQL的管理員用戶名，您可以根據您的實際情況來修改。在輸入命令后，系統會提示您輸入MySQL管理員密碼。

另外，您可以使用以下命令來停止MySQL服務：

net stop mysql

使用該命令時，需要確保您已經正確地安裝了MySQL服務，并且處于管理員權限下。在命令執行成功后，您可以重新啟動MySQL服務。