超級計算機的數量沒有普通pc那么多，統一制式的操作系統必然沒有多少利潤空間。

超級計算機的架構不同于普通服務器，集群等。他可以采用英特爾的cpu，也可以用國產的龍芯，采用不同的處理器，就要用不同的指令集。windows是封閉源碼的，你要求微軟為他單獨編譯一套操作系統，既成本高昂，也不具有現實性。

超級服務器的性能，對于優化特別重要。要想壓榨出最強的性能，必然要放棄很多通用指令，使得系統只可以在這臺機器上運行，挪窩就不行。

linux得意于開源的特性，其實更確切的說是自由的權利。你可以獲得源碼，修改它，優化它，編譯它，讓它完全適應你的機器。自由的權利很重要，在軟件圈混，被人指指點點總是不好的。

最后，現實卻不是完全這樣。超級計算機一般都是屬于保密資產，開放源碼終究是不好的。實際在超級計算機運行的linux系統，會對一些代碼做替代，以避免開源。