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用Python計算N50基因組大小的方法詳解

謝彥文2年前37瀏覽0評論

N50是常用的基因組大小評估指標之一,它表示基因組中所有序列長度從長到短排序后,使得前50%的長度總和大于等于N50值。計算N50基因組大小的方法如下

1. 將所有序列按照長度從長到短排序。

gth 0.5。

4. 從長到短依次累加序列長度,當累加和大于等于 threshold 時,該序列長度即為 N50。

實現計算N50基因組大小的示例代碼

def calculate_N50(sizes)

sizes.sort(reverse=True)gth(sizes)gth 0.550 = 0 sizes50 += size50 >= threshold size

sizes = [1000, 500, 200, 100, 50]50 = calculate_N50(sizes)t50) 輸出 500

gth 和前50%長度總和 threshold。接著,函數從長到短依次累加序列長度,當累加和大于等于 threshold 時,返回當前序列長度,即為 N50。,我們使用示例數據測試了函數的正確性,輸出結果為500,符合預期。

計算N50基因組大小的方法非常簡單,只需要按照上述步驟編寫代碼即可。