這個問題要從兩個方面來說，一層是軟件本身，另一層是IDE（包括編譯器、優化器、鏈接器等），下面分別說明。

先說軟件本身的影響，有些程序自身會受操作系統的影響，比如一些多線程程序或者是需要申請資源的程序，因為資源的有限性，每次申請時會存在排隊現象，就導致每次執行的速度不一樣；還有一些程序會受外界環境的影響，比如程序中存在一些隨機過程，某部分代碼運行次數是一個隨機數，這樣也會導致每次運行速度不一樣。以上兩種情況，即使是同樣的IDE生成可執行程序，每次的運行速度也不一樣。見下圖的線程調度過程。

還有一種是IDE的影響，這個要從編譯過程說起，見下圖：

每個現代編譯器都會有一個優化器，會在生成最終的可執行文件之前對程序進行優化。即使使用同一個IDE編譯同樣的程序，不同的優化等級生成的應用程序運行速度也會不一樣。此外，因為每種IDE（更準確地說是編譯器）的優化算法都不太一樣，所以不同的IDE，即使使用同樣的優化等級，生成的應用程序運行速度也會不一樣。下圖是VS中的代碼優化選項：

還有一種情況是程序中使用了庫文件，因為同樣的庫，在不同的IDE中實現細節是有差別的，這種情況也有可能造成運行速度不一樣。

總之，程序的運行速度受操作系統、IDE、引用庫文件、外部環境等多種因素的影響，它們組合起來就會導致即使同樣的代碼也會運行速度不一致。但是一般來說，可以通過觀察程序多次的運行情況，然后根據平均值來比較，對于同樣的硬件平臺，只要差別不超過10%（和物理學中的誤差類似），就可以認為兩個的速度是一致的。