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javascript與生信

黃文隆1年前6瀏覽0評論

JavaScript是一種程序語言,經常用于Web頁面的交互和用戶體驗。

在生物信息學中,JavaScript也可以起到非常重要的作用,例如:

//通過JS獲取當前頁面的URL,并且做相關操作
var url = window.location.href;
if(url.indexOf("ncbi.nlm.nih.gov") != -1){
//如果是NCBI網站上的頁面,就執行以下操作
var title = document.title;
var pmid = url.substring(url.lastIndexOf("/")+1);
alert("這是一篇PMID為"+pmid+"的文章:"+title);
}

以上代碼可以對網頁進行判斷,如果是在NCBI網站上,就獲取頁面的標題和PMID,并彈出提示框。這就是為什么JavaScript在生物信息學中非常重要的原因。

還有一個例子是下載大量的NCBI數據庫。

例如,我們要下載NCBI上的普通人基因組,就可以使用以下代碼:

var downloadLinks = [];
var urls = [
"ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/000/001/405/GCA_000001405.15_GRCh38/seqs_for_alignment_pipelines/GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna.gz",
"ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/000/001/405/GCA_000001405.15_GRCh38/seqs_for_alignment_pipelines/GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna.fai",
"ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/000/001/405/GCA_000001405.15_GRCh38/seqs_for_alignment_pipelines/GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna.ali"
];
for(var i=0; i<urls.length; i++){
var url = urls[i];
var filename = url.substring(url.lastIndexOf("/")+1);
var downloadLink = document.createElement("a");
downloadLink.href = url;
downloadLink.download = filename;
document.body.appendChild(downloadLink);
downloadLinks.push(downloadLink);
}
for(var i=0; i<downloadLinks.length; i++){
downloadLinks[i].click();
}

以上代碼會自動下載NCBI普通人基因組,其中包含3個文件:GRCh38_full_analysis_set.fna.gz、GRCh38_full_analysis_set.fna.fai和GRCh38_full_analysis_set.fna.ali。

我們可以使用以上例子,說明JavaScript在生物信息學中的優點,例如:

  • 方便操作:JS可以獲取頁面信息、執行頁面操作,方便二次開發。
  • 速度快:JS能夠對海量數據進行快速處理,提高工作效率。
  • 數據處理:JS可以處理JSON、XML、CSV等文件格式,并實現數據可視化。

毫無疑問地,JavaScript在生物信息學中的地位和作用越發凸顯。正如我們今天所討論的,JavaScript已經成為了不可或缺的一部分。我們應該學會使用JavaScript在生物信息學中發揮其優點,來提高我們的工作效率,并為我們的科研工作做出更大的貢獻。