Java程序和JSP程序都是基于Java語言開發的Web應用程序。兩者有一些共同點，但也存在一些顯著的區別。

首先，Java程序是獨立的應用程序。它們需要被編譯成可執行文件，在服務器上運行。相比之下，JSP程序是動態生成的網頁。它們是在服務器上實時解釋執行的，而不是像Java程序那樣先被編譯成可執行文件。這也就意味著JSP程序在運行時需要更多的CPU和內存資源。

public class JavaProgram {
public static void main(String[] args) {
System.out.println("Hello, Java!");
}
}

<%
out.println("Hello, JSP!");
%>

其次，在編寫Java程序時，通常需要使用一些Java標準庫或第三方庫。這些庫需要在程序中顯式引用。相比之下，JSP程序可以通過<%@ taglib %>指令來引用標準標簽庫或自定義標簽庫，從而方便地使用其提供的功能。

最后，Java程序通常用于實現具體的業務邏輯，例如后臺數據處理和業務流程控制。而JSP程序更多地用于實現用戶界面。通過使用JSP程序，可以方便地動態生成網頁、處理用戶請求等等。

綜上所述，Java程序和JSP程序都有各自的優缺點和應用場景。在具體的Web開發項目中，應根據實際需求來選擇合適的技術方案。