Java源文件是以.java文件擴展名結尾的文件，它是Java程序編寫的原始形式。Java源文件包含了Java代碼和注釋，這些內容會被編譯器解析和編譯成Java字節碼。在使用Java源文件時，我們需要使用文本編輯器或IDE進行編寫和編輯。

public class HelloWorld {
public static void main(String[] args) {
System.out.println("Hello, World!");
}
}

Java源文件不能被直接執行，所以需要進行編譯。編譯后的Java程序文件擴展名為.class。編譯是將Java源文件轉換為可執行的字節碼的過程。Java編譯器將源代碼解析為字節碼，這是一種可執行的二進制格式，可以在任何支持Java虛擬機的計算機上運行。

$ javac HelloWorld.java

編譯Java源文件時，需要使用javac命令。編譯后的.class文件包含了可執行的Java字節碼。所以，我們可以在Java虛擬機（JVM）上運行該文件。

$ java HelloWorld
Hello, World!

對于大型的Java項目，通常會有很多個Java源文件，我們可以使用構建工具（如Maven和Gradle）來自動編譯和打包Java程序。