在Java工程中，主要有兩種庫，一種是JRE庫，一種是運行庫。

JRE庫是Java Runtime Environment的縮寫，它是JDK中包含的一些庫的集合，提供了實現Java程序所需的各種類和API，包括Java的核心類庫、Java虛擬機和一些基礎工具。在Java編譯后執行時，需要JRE庫文件來支持Java程序的運行。

Java運行庫是一組針對不同程序而編寫的庫文件，這些庫文件使得應用程序能夠在特定的Java虛擬機環境中運行。這些庫文件包括了一些與JRE庫相似的類和API，但是更具體，針對于應用程序的特定環境而定制的。Java運行庫的概念比較廣泛，在不同的編程環境中可能會有所不同。

需要注意的是，要保證Java工程的編譯和實際運行時使用的都是同一版本的JRE庫和運行庫，否則可能會出現兼容性問題。可以通過在工程配置文件或者命令行參數中指定具體的JRE庫和運行庫來確保使用的版本一致性。

// 指定JRE庫和運行庫的命令行參數示例
java -jar myproject.jar -Djava.library.path=lib -vm c:\jdk1.8\jre\bin\server\jvm.dll

總之，在Java工程中，JRE庫和運行庫是不可或缺的組成部分，它們共同構成了Java程序的運行環境，為Java程序的開發、編譯和運行提供了重要的支持。