Vue.js是一種用于構建Web應用程序的JavaScript框架，它包含了許多方便開發人員構建高效UI的功能。Vue的一項重要特性是其能夠與現有編寫操作DOM的JavaScript代碼完全兼容，然后將其封裝到組件中。Vue文件既可以使用HTML、CSS、JavaScript，也可以直接使用原生的JavaScript編寫。

使用Vue文件原生的JavaScript可以在Vue中進行很多操作。為了使用原生的JavaScript，我們可以使用Vue提供的$el屬性。$el屬性是一個指向真實DOM節點的指針。例如，我們可以使用以下代碼來獲取Vue實例的DOM節點。

var app = new Vue({
el: '#app',
data: {
message: 'Hello Vue!'
}
})
var appElem = app.$el;

通過上面的代碼，我們可以直接使用appElem來操作這個Vue的DOM節點。

我們也可以使用Vue的computed屬性來實現原生的JavaScript操作。computed屬性可以監控對象的狀態，在數據發生變化時動態更新這些數據。當一個Vue實例開啟了計算屬性，每當其中使用的數據發生變化時，計算屬性都會重新計算它的值。

var app = new Vue({
el: '#app',
data: {
message: 'Hello Vue!'
},
computed: {
reversedMessage: function () {
return this.message.split('').reverse().join('')
}
}
})

在上面的代碼中，我們使用computed屬性來實現Vue文件的反向輸出。當數據發生變化時，reversedMessage計算屬性會重新計算其值并更新模板。

同時，我們也可以通過使用set和get方法來使用原生的JavaScript操作Vue文件中的數據。

var app = new Vue({
el: '#app',
data: {
message: 'Hello Vue!'
},
set: {
setMessage: function (newValue) {
this.message = newValue;
document.querySelector("#myDiv").innerHTML = newValue;
}
},
get: {
getMessage: function () {
return this.message
}
}
});

上面的代碼中，我們使用原生的JavaScript操作了Vue文件之中的數據并將其設置為DIV元素里的內容。

Vue文件原生的JavaScript操作給我們提供了更多的自由度和更好的靈活性。相較于引入其他的JavaScript庫，使用原生的JavaScript操作Vue文件，可以避免很多在使用外部庫時造成的麻煩，這是Vue的一個很大的優勢。