雖然Vue單頁面應用的開發效率和用戶體驗都得到了提高，但是仍然存在一些缺點，其中之一是SEO問題。因為Vue單頁面應用中的路由都是使用前端進行控制的，而搜索引擎爬蟲只會執行一次JavaScript代碼，無法獲取動態添加的內容，因此會忽略大量的頁面內容，導致搜索排名下降。

而且，Vue單頁面應用還有一些性能問題。每次路由跳轉都需要加載新的JavaScript、CSS文件和圖片等資源，會給用戶造成額外的等待時間，而且初次加載頁面時，會向服務器發送大量的請求，如果服務器并發處理能力不夠，可能會導致頁面加載緩慢。

此外，Vue單頁面應用還存在一些安全問題。因為前端控制路由，很容易被黑客惡意修改，比如通過修改路由來訪問一些本來不應該訪問的頁面或執行一些惡意操作。而且，由于前端相關的JavaScript代碼保存在瀏覽器端，黑客可以很容易地通過抓包或篡改JavaScript代碼等方式來竊取用戶數據。

最后，Vue單頁面應用雖然可以提供很好的用戶體驗，但是對于一些需要多頁面交互的場景，不適用于使用單頁面應用。比如一些需要大量表單、分頁、跳轉鏈接等的網站，使用單頁面應用則會導致代碼冗長和復雜，增加開發難度和維護成本。

綜上所述，雖然Vue單頁面應用有很多優點，但是也存在一些缺點。在實際開發中，需要根據具體場景選擇適合的開發方式，以便取得更好的開發效率和用戶體驗。