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python 細胞核分割

阮建安2年前10瀏覽0評論

Python 細胞核分割是一項重要的醫學圖像處理任務,通常用于癌癥診斷和治療過程中的藥物評估。在這篇文章中,我們將介紹使用 Python 來進行細胞核分割的方法和技術。

在 Python 中進行細胞核分割的一種常見方法是使用圖像分割技術。這個過程主要分為以下幾個步驟:

import cv2
import numpy as np
# 讀取圖像
img = cv2.imread('cell.jpg')
# 將圖像轉換為灰度圖像
gray = cv2.cvtColor(img, cv2.COLOR_BGR2GRAY)
# 對灰度圖像進行高斯濾波
blur = cv2.GaussianBlur(gray, (7, 7), 0)
# 使用 Otsu 自適應閾值法進行二值化處理
_, thresh = cv2.threshold(blur, 0, 255, cv2.THRESH_BINARY+cv2.THRESH_OTSU)
# 進行形態學操作,去除小的噪點
kernel = np.ones((3, 3), np.uint8)
opening = cv2.morphologyEx(thresh, cv2.MORPH_OPEN, kernel, iterations=2)

通過以上步驟,我們可以得到一張經過分割處理的細胞核圖像。接下來,我們可以使用一些形態學操作來進一步處理細胞核圖像,比如去除一些小的噪點和填補一些細胞核中間的空洞。

# 對分割后的圖像進行形態學操作
kernel = np.ones((5, 5), np.uint8)
closing = cv2.morphologyEx(opening, cv2.MORPH_CLOSE, kernel, iterations=3)
# 填補細胞核中間的空洞
filled = cv2.bitwise_not(closing)
contours, _ = cv2.findContours(filled, cv2.RETR_TREE, cv2.CHAIN_APPROX_SIMPLE)
cv2.drawContours(filled, contours, -1, (255, 255, 255), -1)
# 將結果保存為圖像文件
cv2.imwrite('segmented_cell.jpg', filled)

完成以上步驟后,我們就得到了一張高質量的細胞核分割圖像,可以用于更進一步的分析和處理,比如進行形態學測量、分類和計數等操作。