要在Node.js應用程序中升級Vue.js版本，需要執行以下步驟：

第一步：在終端中運行以下命令更新npm：

npm install npm@latest -g

第二步：查看當前項目中Vue.js的版本：

npm list vue

第三步：使用以下命令來升級Vue.js：

npm install vue@latest --save

第四步：刪除node_modules目錄和package-lock.json文件：

rm -rf node_modules
rm package-lock.json

第五步：使用以下命令來安裝依賴包：

npm install

最后，再次查看Vue.js的版本確保升級成功：

npm list vue